通過一天的標準，海洋醫院服務是一個大的聯邦企業, 操作 27 醫院的內戰開始. 通過比較, 在中美. 軍隊有 98 醫務人員, 20 溫度計, 6 聽診器和一些醫療課本. 美國南部邦聯軍隊 24 醫務人員. 在 1864 在只有8個USMHS醫院; 其他被接管的軍事行動.

內戰基本停止在美國的醫學研究. 但, 它是推動醫療出版物的組合, 現在美國國立衛生研究院的一部分，美國國立醫學圖書館, 在陸軍外科醫生辦公室開始作為一個小集合 1836.

在內戰, 壓力開始再次安裝在海軍醫院管理. 格蘭特總統上任 1869 和博士由財政部委託研究. 約翰·肖比林斯, 陸軍的權威醫院, 如 “諮詢醫生, 海軍醫院服務。” 研究發現，海洋醫院服務 “在整個處於不理想的狀態。” 六月 29, 1870, 格蘭特總統簽署了一項法案，建立一個 “在中美局. 海軍醫院服務” 在財政部, 提高海員的費用 $0.40 對 $0.60 每月, 並建立一個監督醫生.

博士. 約翰M. 伍德沃思, 謝爾曼的3月向海醫療英雄, 被任命為第一監督外科醫生在4月份的海軍醫院服務 1871. 他組織了服務, 設計了一個密封和標誌, 並通過設立國家報告制度流行病海外部. 該密封是一個設計的錨定, 海, 水星交叉成直角的眾神使者的手杖, 兩條毒蛇纏繞在一起的工作人員. 這是眾神使者的手杖的埃斯科拉庇俄斯, 單蛇, 符號的藥. 比較, 它是符號的奶嘴, 預示著和大使進行休戰旗, 軍隊醫療人員和使用, 在戰場上，有一個和平的使命. 這也是商業的象徵, 這使得人們倍加適當的醫療服務的商船.

儘管美國已經在戰爭, 3歐洲人導致疾病和死亡的一個顯著成功的攻擊，通過新的科學的細菌學. 他們是路易·巴斯德, 法國; 博士. 約瑟夫·李斯特, 大英帝國; 和博士. 羅伯特·科赫, 德國. 兩人精湛的實驗室的科學家, 利斯特, 一位傑出的外科醫生. 科赫的學生之一, 約瑟夫Kinyoun氏法, 貝爾維尤醫學院在紐約收到了他的醫學學位 1882, 就讀於巴斯德研究所和德國，然後返回加入海軍醫院服務. 八月 1887 博士. Kinyoun氏法開始了第一次公共健康研究中心, 的 “衛生實驗室” 在Staten島的海軍醫院. 該實驗室將成為美國國立衛生研究院.