Par les normes de l'époque du Service hôpital de la Marine était une grande entreprise fédérale, d'exploitation 27 hôpitaux par le début de la guerre civile. Par comparaison, l'AMÉRICANO. Armée avait 98 médecins, 20 thermomètres, 6 stéthoscopes et quelques livres médicaux texte. L'armée des États confédérés d'Amérique a 24 médecins. En 1864 seulement huit hôpitaux USMHS étaient en opération; les autres étant pris en charge pour les opérations militaires.

La guerre civile pratiquement cessé de la recherche médicale aux États-Unis. Cependant, il a été l'impulsion pour l'assemblage des publications médicales, maintenant partie de la Bibliothèque nationale du NIH de médecine, qui a commencé comme une petite collection dans le bureau du Surgeon General Army en 1836.

Après la guerre civile, la pression a commencé à monter à nouveau sur l'administration des hôpitaux de marine;. Le président Grant a pris ses fonctions en 1869 et a commandé une étude réalisée par le Département du Trésor avec le Dr. John Shaw Billings, de l'Armée de l'autorité sur les hôpitaux, comme “Chirurgien conseil, Services hôpital de la Marine.” L'étude a révélé le Service hôpital de la Marine “sur l'ensemble dans un état insatisfaisant.” Sur Juin 29, 1870, Le président Grant a signé un projet de loi instituant un “Bureau de la AMÉRICANO. Marine Hospital Service” dans le département du Trésor, augmenter les frais pour les marins provenant $0.40 à $0.60 par mois, et la création d'un chirurgien de supervision.

Dr. John M. Woodworth, le héros médical de Mars de Sherman vers la mer, a été nommé le premier chirurgien de tutelle de l'hôpital de la Marine de service en Avril 1871. Il a organisé le service, conçu un sceau et un drapeau, et mis en place par le Département d'État d'un système de rapports sur les épidémies d'outre-mer. Le sceau est une conception d'une ancre, représentant la mer, croisaient à angle droit avec le caducée de Mercure, avec deux serpents enlacés sur le personnel. Ce n'est pas le caducée d'Esculape, avec serpent unique, symbole de la médecine. Plutôt, c'est le signe de la sucette, porté par les hérauts et les ambassadeurs comme un drapeau de trêve, et utilisés par les médecins de l'armée, qui avait une mission pacifique sur le champ de bataille. Il était aussi un symbole du commerce, ce qui rendait doublement approprié pour le service médical de la marine marchande.

Alors que les États-Unis étaient en guerre, Européen sur trois a mené une attaque spectaculaire succès sur la maladie et la mort par la nouvelle science de la bactériologie. Ils étaient Louis Pasteur, de la France; Dr. Joseph Lister, de Grande-Bretagne; et le Dr. Robert Koch, d'Allemagne. Deux étaient des scientifiques de laboratoire magistrales, Lister, un éminent chirurgien. Un des élèves de Koch, Joseph Kinyoun, qui avait reçu son diplôme de médecine du Collège Bellevue Medical à New York en 1882, étudié à l'Institut Pasteur et en Allemagne avant de revenir à rejoindre le Service hôpital de la Marine. En Août 1887 Dr. Kinyoun commencé le premier centre de recherche en santé publique, la “Laboratoire d'Hygiène” à l'hôpital de la Marine à Staten Island. Le laboratoire allait devenir le National Institutes of Health.